06:56 / 30.03.2021.

Autor: Zdrav život/HRT

Potraga za mutacijama u genomu koronavirusa

Ilustracija

Ilustracija

Foto: Zdrav život / HRT

Bioinformatika je grana znanosti koja usko povezuje biologiju i računarstvo. Danas je nezaobilazna u razvoju medicine i biokemije, te posebno u novim efikasnim tretmanima tumora, kao i virusa koji je zahvatio cijeli svijet. Otkrivamo na kojim projektima radi Grupa za bioinformatiku Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu.

- Vi danas možete sekvencirati, dakle pročitati čitavu genetičku informaciju čovjeka, za manje od 1000 dolara, dok ste prije samo 20 godina takav poduhvat trebali platiti 10 milijuna dolara. One spoznaje koje smo sada prikupili i analizirali, prikupljanjem genetičke informacije primijenimo u genetičke svrhe u svrhe pronalaska i uočavanja određenih rijetkih bolesti ili analize genetike tumora ili eventualno analize genetike nekih infektivnih bolesti, objašnjava prof. Kristijan Vlahoviček.

Uvid u mijenjanje virusa i uspjeh PMF-ovaca

U području proučavanja korona virusa, bioinformatika je od velike pomoći u analizi genetičkog materijala. Korona virusi imaju svoju genetičku informaciju spremljenu u oko 30 000 slova. Čitanjem tih slova, dodaje Vlahoviček - može se utrvrditi ima li negdje koronavirusa ili ne. Može se iščitati na koji način on evoluira, mutira, koja se slova, mjesta se na genomu mijenjaju i to povezati s dinamikom širenja virusa, ali i kliničkim parametrima.

Odnosno, uzrokuju li mutacije slabije ili jače simptome, zarazniju ili manje zaraznu varijantu. Trenutno je u svijetu sekvencionirano nekoliko stotina tisuća virusnih genoma i to znanstvenicima omogućuje međusobnu usporedbu genoma, uvid u mijenjanje virusa. Također, prati se genetička podloga virusa u odnosu na genetičku podlogu samog domaćina. Na taj se način mogu prepoznati genetičke predispozicije kod ljudi koje bi mogle objasniti težinu simptoma.

- Nedavno smo potvrdili postojanje češke varijante, prije toga smo vidjeli i britanske varijante, upravo nam slijedi potvrda, cijele genomske sekvence jedne južnoafričke varijante, znači uspjeli smo pokazati, naravno, kao što je bilo očekivano, nismo izolirana država u okviru nekakve europske geografije.

Globalni projekt sekvenciranja genoma 38 vrsta tumora

- Značaj tog projekta je da u njemu treba karakterizirati različite tumore i na nivou pojedinca. Dakle da vidimo za svakog pacijenta koje on mutacije ima, ali onda i na nivou populacije. Tumori su jedna heterogena skupina bolesti i različiti tumori imaju različite mutacije. To je bitno zbog dijagnostike, ali i terapije jer je pokazano da pacijenti s različitim mutacijama, a kod iste vrste tumora, primjerice raka dojke, mogu imati različiti odgovor na terapiju, tumači doc. Rosa Karlić, Članica Grupe za bioinformatiku.

Cilj ovakvih projekata je previdjeti što će se događati kod pacijenata i kako najbolje prilagoditi terapiju, kao i identificirati takozvane gene pokretače u različitim tipovima tumora koji kod mutacije dovode do nastanka tumora. Postoje i nasljedni tipovi tumora. Jedan od primjera za gene koji su uključeni u nasljeđivanje tumora su geni BRCA 1 i BRCA 2 vezani za rak dojke. Na temelju prisutnosti mutacija u tim genima može se pretpostaviti da će netko imati veći rizik od razvoja raka dojke.

Rade na još jednom međunarodnom projektu koji podrazumijeva sekvencioniranje 100 000 genoma pacijenata. Uz to će biti dostupni i klinički podaci.

Bioinformatika je danas sve potrebnija u različitim granama, i sve privlačnija mladim studentima. Hrvatska ide u korak sa svjetskim trendovima i obrazovanje mladih bioinformatičara nimalo ne zaostaje za onim inozemnim. A što se tiče primjene bioinformatike u području medicine, naši sugovornici predviđaju svjetlu budućnost ispunjenu novim revolucionarnim spoznajama.


Vijesti HRT-a pratite na svojim pametnim telefonima i tabletima putem aplikacija za iOS i Android. Pratite nas i na društvenim mrežama Facebook, Twitter, Instagram i YouTube!